Generalni sekretarijat obavlja naročito poslove koji se odnose na: pripremu sjednica i sastanaka, vo|enje zapisnika, vođenje evidencije, informiranje javnosti, praćenje provedbe odluka Vijeća ministara, protokol, obavlja materijalno-finansijske, administrativne i tehničke poslove za Vijeće ministara u izvršavanju njegovih zadataka, stara se o objavljivanju odluka Vijeća ministara u službenim glasilima, te vrši i druge poslove koje mu odlukom dodijeli Vijeće ministara.

Unutrašnja organizacija Generalnog sekretarijata utvrđuje se pravilnikom koji donosi Vijeće ministara Bosne i Hercegovine.

Radom Generalnog sekretarijata rukovodi generalni sekretar kojeg imenuje i razrješava Vijeće ministara na prijedlog predsjedavajućeg, u skladu sa Zakonom o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine.

Generalni sekretar je neposredno odgovoran za svoj rad predsjedavajućem Vijeća ministara Bosne i Hercegovine.