Сходно одредбама Закона, надлежности Министарства одбране БиХ су сљедеће:

а) стварање и одржавање одбрамбеног капацитета како би се обезбиједила заштита суверенитета, територијалног интегритета, политичке независности и међународног субјективитета Босне и Херцеговине,

б) заступање Босне и Херцеговине у међународним односима везаним за питање одбране,

ц) надзор над свим субјектима Оружаних снага Босне и Херцеговине,

д) израда, преглед и ажурирање одбрамбене политике Босне и Херцеговине коју одобрава Предсједништво Босне и Херцеговине, а усваја Парламентарна скупштина Босне и Херцеговине,

е) израда и одобравање политика и прописа у погледу организације, администрације, обуке, опремања и употребе Оружаних снага Босне и Херцеговине,

ф) обезбјеђивање да Босна и Херцеговина поштује међународне обавезе везане за питања одбране,

г) активирање јединица резервног састава за све операције, изузев планиране обуке,

х) размјештај или употреба било којег дијела Оружаних снага ван Босне и Херцеговине за све операције или активности обуке,

и) издавање инструкција начелнику Заједничког штаба Босне и Херцеговине за употребу или размјештање јединица Оружаних снага унутар Босне и Херцеговине за потребе које нису обука,

ј) успостава поступка за одобравање војне помоћи цивилним властима у случају природних катастрофа и несрећа, по овлаштењима датим од Предсједништва Босне и Херцеговине,

к) установљавање поступка који обезбјеђује транспарентност функција Министарства одбране Босне и Херцеговине, и

л) остале надлежности дефинисане у Закону.