Надлежности Министарства за људска права и избјеглице БиХ утврђене су чланом 12. Закона о министарствима и другим органима управе Босне и Херцеговине и обухватају:

  праћење и спровођење међународних конвенција и других докумената из области људских права и основних слобода;
промовисање и заштита личних и колективних људских права и слобода;

  координацију и припрему извјештаја надлежним домаћим органима и институцијама и међународним институцијама и организацијама о провођењу обавеза из међународних конвенција и међународних докумената;

  креирање и спровођење активности на испуњавању обавеза БиХ у погледу пријема у евроатлантске интеграције, а посебно у вези са примјеном Европске конвенције о људским правима и основним слободама и њеним протоколима;

  праћење, израду и дистрибуирање информација о стандардима, остварењима и активностима у областима људских права;

  сарадњу са вјерским заједницама;

  сарадњу са националним мањинама и њиховим удружењима;

  сарадњу са институцијама и организацијама задуженим за тражење несталих лица у БиХ;

  сарадњу са Црвеним крстом/крижом БиХ и Међународним комитетом Црвеног крста/крижа и хуманитарним организацијама;

  старање о питањима азила и о правима избјеглица које долазе у БиХ;

  спровођење Анекса VII Општег оквирног споразума за мир у БиХ, као и праћење и надзор у вези са спровођењем тог анекса;

  креирање и спровођење политике у БиХ у области повратка избјеглица и расељених лица у БиХ, пројеката реконструкције и обезбјеђење других услова за одржив повратак;

  координацију, усмјеравање и надзор у оквиру Комисије за избјеглице и расељена лица, активности ентитета и других институција у БиХ одговорних за спровођење политике у овој области;

  све остале активности прописане законом, и/или које се односе на спровођење Анекса VI и VII Општег оквирног споразума за мир у БиХ;

  сарадњу са невладиним сектором о питањима из надлежности Министарства;

  креирање политике усељавања и азила у БиХ;

  креирање политике БиХ према исељеништву.