Shodno odredbama Zakona, nadležnosti Ministarstva odbrane BiH su slijedeće:
a) stvaranje i održavanje odbrambenog kapaciteta kako bi se osigurala zaštita suvereniteta, teritorijalnog integriteta, političke nezavisnosti i međunarodnog subjektiviteta Bosne i Hercegovine,

b) zastupanje Bosne i Hercegovine u međunarodnim odnosima vezanim za pitanje odbrane,

c) nadzor nad svim subjektima Oružanih snaga Bosne i Hercegovine,

d) izradu, pregled i ažuriranje odbrambene politike Bosne i Hercegovine koju odobrava Predsjedništvo Bosne i Hercegovine, a usvaja Parlamentarna skupština Bosne i Hercegovine,

e) izradu i odobravanje politika i propisa u pogledu organizacije, administracije, obuke, opremanja i upotrebe Oružanih snaga Bosne i Hercegovine,

f) osiguravanje da Bosna i Hercegovina poštuje međunarodne obaveze vezane za pitanja odbrane,

g) aktiviranje jedinica rezervnog sastava za sve operacije, izuzev planirane obuke,

h) razmještaj ili upotrebu bilo kojeg dijela Oružanih snaga izvan Bosne i Hercegovine za sve operacije ili aktivnosti obuke,

i) izdavanje instrukcija načelniku Zajedničkog štaba Bosne i Hercegovine za upotrebu ili razmiještanje jedinica Oružanih snaga unutar Bosne i Hercegovine za potrebe koje nisu obuka,

j) uspostavu postupka za odobravanje vojne pomoći civilnim vlastima u slučaju prirodnih katastrofa i nesreća, po ovlaštenjima datim od Predsjedništva Bosne i Hercegovine,

k) ustanovljavanje postupka koji osigurava transparentnost funkcija Ministarstva odbrane Bosne i Hercegovine, i

l) ostale nadležnosti definisane u Zakonu.