Nadležnosti Ministarstva za ljudska prava i izbjeglice BiH utvrđene su Članom 12. Zakona o ministarstvima i drugim organima uprave Bosne i Hercegovine i obuhvataju:

• praćenje i provođenje međunarodnih konvencija i drugih dokumenata iz oblasti ljudskih prava i osnovnih sloboda;
• promovisanje i zaštita ličnih i kolektivnih ljudskih prava i sloboda;
• koordinacija i priprema izvještaja nadležnim domaćim organima i institucijama i međunarodnim institucijama i organizacijama o provođenju obaveza iz međunarodnih konvencija i međunarodnih dokumenata;
• kreiranje i provođenje aktivnosti na ispunjavanju obaveza BiH u pogledu prijema u evroatlanske integracije, a posebno u vezi sa primjenom Evropske konvencije o ljudskim pravima i osnovnim slobodama i njenim protokolima;
• praćenje, izrada i distribuiranje informacija o standardima, ostvarenjima i aktivnostima u oblastima ljudskih prava;
• saradnja sa vjerskim zajednicama;
• saradnja sa nacionalnim manjinama i njihovim udruženjima;
• saradnja sa institucijama i organizacijama zaduženim za traženje nestalih lica u BiH;
• saradnja sa Crvenim krstom/križom BiH i Međunarodnim komitetom Crvenog krsta/križa i humanitarnim organizacijama;
• staranje o pitanjima azila i o pravima izbjeglica koje dolaze u BiH;
• provođenje Aneksa VII Opšteg okvirnog sporazuma za mir u BiH, kao i praćenje i nadzor provođenja tog Aneksa;
• kreiranje i provođenje politike u BiH u oblasti povratka izbjeglica i raseljenih lica u BiH, projekata rekonstrukcije, i obezbjeđenje drugih uslova za održiv povratak;
• koordiniranje, usmjeravanje i nadzor u okviru Komisije za izbjeglice i rasseljena lica, aktivnosti entiteta i drugih institucija u BiH odgovornih za provođenje polititke u ovoj oblasti;
• sve ostale aktivnosti propisane zakonom, i/ili koje se odnose na provođenje Aneksa VI i VII Opšteg okvirnog sporazuma za mir u BiH;
• saradnja sa nevladinim sektorom po pitanjima iz nadležnosti Ministarstva;
• kreiranje politike useljavanja i azila u BiH;
• kreiranje politike BiH prema iseljeništvu.