Generalno tajništvo obavlja naročito poslove koji se odnose na: pripremu sjednica i sastanaka, vođenje zapisnika, vođenje evidencije, informiranje javnosti, praćenje provedbe odluka Vijeća ministara, protokol, obavlja materijalno-financijske, administrativne i tehničke poslove za Vijeće ministara u izvršavanju njegovih zadataka, stara se o objavljivanju odluka Vijeća ministara u službenim glasilima, te vrši i druge poslove koje mu odlukom dodijeli Vijeće ministara.

Unutarnja organizacija Generalnog tajništva utvrđuje se pravilnikom koji donosi Vijeće ministara Bosne i Hercegovine.

Radom Generalnog tajništva rukovodi generalni tajnik kojeg imenuje i razrješava Vijeće ministara na prijedlog predsjedatelja, sukladno Zakonu o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine.

Generalni tajnik je neposredno odgovoran za svoj rad predsjedatelju Vijeća ministara Bosne i Hercegovine.